Numerose le scoperte emerse durante il restauro: dalla tecnica musiva assolutamente originale impiegata nei mosaici parietali, un vero e proprio unicum, alla presenza di una cera pigmentata sul verde di Prato, utilizzata per coprire il bianco del calcare formatosi a causa delle infiltrazioni di acqua dalla copertura fino alle tracce di foglia d'oro su uno dei capitelli dei matronei, che potrebbe essere la prova che in origine fossero tutti dorati.